昭和60年,口腔診断学の教育に思いをよせる人々が集まり,口腔診断学の談話会的会合を持つことが話し合われ,昭和61年5月24日に第1回口腔診断研究会が開催された。

 昭和63年には日本口腔診断学会が発足し,5月21日に第1回理事会が開催された。赤松栄一が初代理事長となり,川島,黒﨑,三條,杉浦,高須,徳植,戸塚,増田,山野の各教授が初代理事となった。5月22日,赤松英一(神奈川歯科大学)が総会長として,第1回日本口腔診断学会The Japanese Society of Oral Diagnosis/Medicineが開催された。以後,毎年学術大会を重ね,第2回総会長は川島 康(東京歯科大学),第3回は増田 屯(明海大学歯学部),第4回は山野博可(日本大学松戸歯学部),第5回は三條大助(東北大学歯学部),第6回は西嶋克巳(岡山大学歯学部),第7回は黒﨑紀正(東京医科歯科大学歯学部),第8回は黒田洋生(大阪歯科大学),第9回は戸塚盛雄(岩手医科大学歯学部),第10回は笹原廣重(日本大学松戸歯学部),第11回は後藤 實(日本大学歯学部),第12回は黒﨑紀正(東京医科歯科大学歯学部),第13回は藤澤盛一郎(明海大学歯学部),第14回は山根源之(東京歯科大学),第15回は笹野高嗣(東北大学歯学部),第16回は岸 幹二(岡山大学歯学部),第17回は北條博一(大阪歯科大学),第18回は藤澤盛一郎(明海大学歯学部),第19回は高橋和裕(奥羽大学歯学部),第20回は瑞穂冬樹(神奈川歯科大学),第21回は今村佳樹(日本大学歯学部),第22回は森 啓(神奈川歯科大学),第23回は伊藤孝訓(日本大学松戸歯学部),第24回は佐藤泰則(防衛医科大学),第25回は町野 守(明海大学歯学部),第26回は草間幹夫(自治医科大学),第27回は森本泰宏(九州歯科大学),第28回は俣木志朗(東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科),第29回は浅海淳一(岡山大学大学院医歯薬学総合研究科),第30回は北川善政(北海道大学大学院歯学研究院)が総会長として学術大会を開催した。関連学会との密な交流を目的として,第21回と第22回学術大会は期日と開催場所を同じくして日本口腔粘膜学会と共催,第25回,第26回,第27回,第29回,第30回学術大会は期日と開催場所を同じくして日本口腔内科学会との共催を行っている。

 
 初代学会理事長は赤松英一(神奈川歯科大学),続いて平成12年より黒﨑紀正(東京医科歯科大学歯学部),平成18年より山根源之(東京歯科大学),平成24年より笹野高嗣(東北大学大学院歯学研究科),平成29年度より伊藤孝訓(日本大学松戸歯学部)が理事長として理事・代議員とともに学会運営にあたっている。平成16年からは学会認定制度が発足し,指導医,認定医,認定施設が承認されている。平成28年度には一般社団法人化した。
 
 学会設立時より,口腔診断学,オーラルメディシン,歯科放射線学,口腔病理学,臨床検査学など診断に関連する研究者が学会活動の中心となっている。学会設立時の理事・評議員の退任後は,それぞれの施設において後任者が学会理事・評議員・各種委員会委員として参加し,設立目的に添った学会活動を継続している。現在は教育面においても本学会の役割が求められ,歯学部学生および臨床研修歯科医に対して,医療面接など初診患者の対応等について学会関係者による教科書作成,学術大会での特別講演,教育講演,ワークショップ等に取り組んでいる。