昭和60年，口腔診断学の教育に思いをよせる人々が集り，昭和61年5月24日に第1回口腔診断研究会が開催された。その後，昭和63年には日本口腔診断学会が発足し，5月21日に第1回理事会が開催され，赤松栄一が初代理事長となり，川島，黒﨑，三條，杉浦，高須，徳植，戸塚，増田，山野の各教授が初代理事となった。翌5月22日，赤松英一（神奈川歯科大学）大会長のもと，第1回日本口腔診断学会The Japanese Society of Oral Diagnosis/Medicineが開催された。第2回大会長は川島 康（東京歯科大学），第3回は増田 屯（明海大学歯学部），第4回は山野博可（日本大学松戸歯学部），第5回は三條大助（東北大学歯学部），第6回は西嶋克巳（岡山大学歯学部），第7回は黒﨑紀正（東京医科歯科大学歯学部），第8回は黒田洋生（大阪歯科大学），第9回は戸塚盛雄（岩手医科大学歯学部），第10回は笹原廣重（日本大学松戸歯学部），第11回は後藤 實（日本大学歯学部），第12回は黒﨑紀正（東京医科歯科大学歯学部），第13回は藤澤盛一郎（明海大学歯学部），第14回は山根源之（東京歯科大学），第15回は笹野高嗣（東北大学歯学部），第16回は岸 幹二（岡山大学歯学部），第17回は北條博一（大阪歯科大学），第18回は藤澤盛一郎（明海大学歯学部），第19回は高橋和裕（奥羽大学歯学部），第20回は瑞穂冬樹（神奈川歯科大学），第21回は今村佳樹（日本大学歯学部），第22回は森 啓（神奈川歯科大学），第23回は伊藤孝訓（日本大学松戸歯学部），第24回は佐藤泰則（防衛医科大学），第25回は町野 守（明海大学歯学部），第26回は草間幹夫（自治医科大学），第27回は森本泰宏（九州歯科大学），第28回は俣木志朗（東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科），第29回は浅海淳一（岡山大学大学院医歯薬学総合研究科），第30回は北川善政（北海道大学大学院歯学研究院），第31回は里村一人（鶴見大学歯学部口腔内科学講座），第32回は神部芳則（自治医科大学歯科口腔外科学講座），第33回片倉 朗（東京歯科大学口腔病態外科学講座），そして第34回外木守雄（日本大学歯学部口腔外科学第1講座）が学術大会・総会を引き続き開催している。
初代学会理事長は赤松英一（神奈川歯科大学），平成12年より黒﨑紀正（東京医科歯科大学歯学部），平成18年より山根源之（東京歯科大学），平成24年より笹野高嗣（東北大学大学院歯学研究科），平成29年より伊藤孝訓（日本大学松戸歯学部）が理事長として理事・代議員とともに学会運営にあたっている。また，平成16年には学会認定制度が発足し，指導医，認定医，認定施設が承認されている。平成28年には任意団体を一般社団法人化し，法人格を持つことで，社会的な信用が上がった。平成22年に日本歯科医学会認定分科会の昇格も果たし，日本歯科医学連合の会員となった。平成30年に日本歯科専門医機構発会時に社員となり，歯科の専門医制度の設立に参加している。専門医制度の広告に係る外形基準についても，本会は条件を満たしている。